三元复合物是由三个生物分子（如两个蛋白与一个小分子，或蛋白-核酸-配体）通过协同结合形成的瞬时功能性组装体。其核心特征是结合协同性——第三个组分的加入能显著增强或改变前两者的互作效率与功能。在基础研究中，它是阐明转录调控（如DNA-转录因子-共调节因子）与信号转导（如支架蛋白介导的复合物）机制的关键。在新药研发领域，它直接决定PROTAC等靶向蛋白降解剂的疗效，通过诱导“靶蛋白-PROTAC-E3连接酶”三元复合物的形成来触发特异性蛋白降解，是评估药物效率与优化设计的核心对象。